沉睡在秋葉原美少女遊戲店地下的少女是二次世界大戰期間創造出來的「人型武器」。出現在從休眠模式中清醒的少女眼前的是「超級御宅族」澄哉！沉迷在美少女世界的澄哉將少女取名為「桃桃」。一心將桃桃改變為魔法少女的澄哉，對不知世事的桃桃展開了「魔法少女調教課程」？在這沒有戰爭的和平世界裡，無名的「人型武器」會被成功改造為「魔法少女」桃桃嗎？